Le musée d'Aquitaine relate l'histoire de la ville de Bordeaux et de sa région, depuis l'époque préhistorique, à travers différentes oeuvres d'art ou objets. Les collections mettent aussi en valeur les recherches archéologiques et ethnographiques. L'institution affiche une mission de conservation et d'étude du patrimoine.

Des liens sont faits entre les objets présentés ici et les monuments que l'on peut actuellement voir dans la ville de Bordeaux, pour permettre aux visiteurs de mieux comprendre la ville. Les expositions de ce musée font aussi beaucoup de place au passé préhistorique et gallo-romain de Bordeaux.

Cette époque est illustrée par des roches ou des sculptures telles qu'une statue d'Hercule en bronze qui a été retrouvée sous la place Saint-Pierre. On apprend également comment la France à reconquis la région, à travers des objets utilisés à l'époque. La période coloniale est représentée par des outils ou des oeuvres rapportées des pays anciennement dominés par la France, pour qui Bordeaux représentait un carrefour des échanges.